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A Junta de Energia Nuclear (JEN) foi um organismo de investigação e coordenação do Estado português que no período de 1954 a 1979 exerceu um conjunto alargado de competências no âmbito da prospecção e controlo da comercialização de minérios radioativos, da investigação científica e tecnológica em matéria de energia nuclear e do uso de isótopos radioativos em diversos campos de atividade, com destaque para a medicina nuclear, e da segurança e controlo de materiais e equipamentos radiativos. A instituição foi extinta em 1979 por integração no então criado Laboratório Nacional de Engenharia e Tecnologia Industrial.